申告後の更正・決定と電子帳簿保存法を徹底解説|税務調査・附帯税対応

目次

第1章|更正・決定の基本フロー

~いわゆる粉飾決算・青色申告書等の更正・推計計算~

はじめに

ここでは「更正・決定」という税務上の手続を、粉飾決算に基づく過大申告の減額更正青色申告書等に係る所得金額等の更正、そして推計計算による更正や決定の三つの観点から整理します。
いずれも申告内容と実態がずれた場合に当局が関与する場面ですが、手続の流れや納税者側の留意点は少しずつ異なります。以下、順に見ていきましょう。

1.粉飾決算による過大申告と減額更正

修正申告が先か、更正が先か

粉飾決算により所得金額を過大に計上したまま確定申告を行った法人は、その後の事業年度で自ら修正経理を行い、正しい確定申告書を提出するまでの間、たとえ税務調査で過大申告が判明しても、税務署長が直ちに減額更正を行わない取扱いが定められています。
これは「まずは法人自身が誤りを認めて是正を図るべき」とする抑止的な考え方に基づくものです。

還付税額の取り扱い

仮に減額更正が行われて還付金が生じたとしても、粉飾部分に関連する税額については即時還付されません。更正の日が属する事業年度の開始日前1年以内に始まる事業年度分までは還付し、それ以外の部分は更正の日以後5年間に納付する法人税額から段階的に控除する仕組みとなっています。還付を受ける側としては「現金で戻る分」と「将来控除に回る分」が分かれるため、資金計画の見通しを立てる際には注意が必要です。

2.青色申告書等に係る所得金額等の更正

帳簿調査が原則

青色申告を選択している法人の所得金額や欠損金額を更正する場合、基本的には備え付け帳簿書類を調査し、その調査結果をもって誤りが認められたときに限って更正が行われます。帳簿の正確性を担保する青色申告制度らしいアプローチと言えるでしょう。

例外的に帳簿調査を省略できるケース

提出された申告書や添付書類のみで計算誤りが明らかなときは、帳簿調査を省略して更正することも可能です。例えば添付明細で税率の適用誤りが一目瞭然となっているような場面が想定されます。

更正通知と理由附記

更正が行われる際には、納税者に交付される更正通知書へ「更正の理由」を付記することが義務付けられています。理由は抽象的な表現ではなく、納税者が再調査請求や審査請求を行うかどうか判断できる程度に具体的である必要があります。

3.推計計算による更正・決定

帳簿が不備な場合の最後の手段

白色申告法人や帳簿保存が不十分な法人などで、帳簿調査のみでは所得金額を算定できない場合、税務署長は客観的事実に基づいた「推計計算」により更正または決定を行います。

推計の基礎と方法

推計に用いられる主な指標は、資産・負債の増減、売上・仕入の状況、生産量・販売量、従業員数など事業規模を示すデータです。
これらを総合的に勘案し、その法人に最も適した合理的手法で所得金額を算出します。
帳簿不備が続くと推計の精度は上がりにくくなり、その結果として想定以上の所得が認定される可能性も否定できません。日常の会計記録を整備することが、推計計算を避ける最善の防御策と言えるでしょう。

おわりに

本章では、更正・決定のうち代表的な三場面を取り上げました。
いずれの場合も、正確な帳簿の作成・保存と、適切なタイミングでの自主的な修正が、余計な附帯税や資金繰りリスクを抑える鍵となります。次章では、帳簿保存の電子化をめぐる最新の要件緩和と対応ポイントを確認していきます。

第2章|電子帳簿保存法とデジタル化対応

~電子帳簿保存法の概要・要件比較・改正ポイント~

1.電子帳簿保存法の概要

電子帳簿保存法は、国税関係帳簿書類を電子データで保存できる特例制度です。総勘定元帳や契約書など、帳簿・書類について、一定の要件を満たせば電子化が認められます。

  • 帳簿・書類の電子保存は任意
    法人は、紙で残すか電子データで残すかを自社判断で選択できます。
  • 電子取引データの保存は義務化
    インターネットやEDIを通じた注文書・領収書といった取引情報は、電子データのまま保存する必要があります。紙へ出力しての保存では要件を満たしません。
  • 保存期間
    電子・紙いずれの場合でも保存期間は同一で、法人は7年間(繰越欠損金控除適用法人は最長10年間)の保存が求められます。

2.改正前と改正後の要件比較

区分改正前改正後
税務署長の事前承認必要不要(申請不要で適用可能)
電子帳簿の保存要件相互関連性・検索機能などを細かく規定要件を緩和(訂正・削除履歴の確保ほかに集約)
電子取引情報の保存紙出力による保存容認電子データ保存を義務化(宥恕措置あり)
調査時の優遇措置なし優良電子帳簿に該当すれば過少申告加算税5%軽減
不正行為への対応通常の重加算税電子データ不正に対し10%加重措置を追加

要件緩和によりシステム導入ハードルは下がった一方、電子取引データの保存義務化や不正加重措置が設けられたため、運用体制の見直しが欠かせません。

3.主な改正事項

3-1 事前承認制度の廃止

令和4年1月1日以降、電子帳簿や電子書類の保存に際し、税務署長への事前承認は不要となりました。これにより、準備が整い次第、企業は届出なしで電子保存へ移行できます。

3-2 保存要件の緩和

改正後は、訂正削除履歴の確保・相互関連性の維持・検索機能の確保に整理され、従来よりも実務負担が軽減されています。

3-3 電子取引情報の電子データ保存義務化

電子取引により授受した注文書や領収書などは、電子データのまま保存することが必須です。
紙出力保存は認められず、令和6年1月1日以降は宥恕期間も終了するため、システム整備が間に合わない場合は早急な対応が求められます。
なお、消費税については紙保存による仕入税額控除の取扱いが残されていますが、法人税・所得税の保存義務者は電子保存が必要です。

3-4 税務調査時の軽減・加重措置

  • 軽減措置:全帳簿が優良電子帳簿に該当し、所定の届出を期限内に行うと、過少申告加算税が5%軽減されます。
  • 加重措置:電子取引データの複製・改ざんなど不正が行われた場合、重加算税が10%上乗せとなります。

3-5 旧承認分の経過措置

改正前に事前承認を受けていた帳簿書類については、従前の要件が経過措置として適用されます。ただし、改正後要件へ移行する場合には所定の手続で切り替えが可能です。

4.実務対応のポイント

  • 電子保存の範囲を明確化
    帳簿・書類・電子取引データのどこまでを電子化するかを整理し、社内規程へ反映しましょう。
  • システム要件の確認
    訂正削除履歴や検索機能を満たすかを早い段階で点検し、必要に応じてアップデートを行うと安心です。
  • 宥恕期間内の移行計画
    電子取引データ保存の宥恕措置は期限が決まっています。紙保存に依存している場合は、保存形式・管理フローを移行するスケジュールを逆算するとスムーズです。
  • 社内研修と運用チェック
    電子保存を選択した後も、保存期間中は要件維持が欠かせません。定期的な社内研修とモニタリングを通じて、改ざんリスクを抑える体制を整備しましょう。

第3章|税務調査と附帯税

~税務調査の流れ・質問検査権・附帯税の仕組み~

1. 税務調査の位置づけ

申告内容が税法に沿っていないと疑われる場合、税務署長は調査結果に基づき更正または決定を行う権限を有します。これは、適正に申告した納税者との公平を保つために設けられた手続です。

2. 質問検査権の活用ポイント

  • 対象範囲
    ①納税地が所轄区域内の法人
    ②取引関係にある他法人・個人
    ③所轄区域外の法人およびその取引先
  • 受忍義務と罰則
    質問や帳簿提示を拒むと、不答弁や虚偽答弁として罰則が科される可能性があります。
  • 調査通知後の納税地異動
    調査開始を通知された後に納税地を異動しても、必要と認められれば旧所轄の職員が継続して質問検査権を行使できます。

3. 調査終了時の手続

  • 更正決定の要否がない場合
    「更正決定等を行わない旨」を書面で通知。
  • 更正決定が見込まれる場合
    調査結果の内容説明や修正申告の勧奨を行います。
  • 再調査の可能性
    調査終了後に新情報が得られた場合、再調査に進むケースもあるため、調査後の帳簿訂正も怠らないようにしたいところです。

4. 附帯税の種類と税率

手続区分主な附帯税税率等補足
更正過少申告加算税本税の10%または15%仮装・隠ぺいの場合は重加算税35%
決定(無申告)無申告加算税本税の15%または20%仮装・隠ぺいがあると重加算税40%
修正申告過少申告加算税原則5%(調査通知後)更正予知前の自主修正なら加算税なし
重加算税加重措置重加算税に10%を加重過去5年に類似非違がある場合

延滞税は本税分に対する利息的性格を持ち、いずれの手続でも課されます。

5. 重加算税の加重措置

上表の通り、過去5年間に重加算税または無申告加算税を課された実績がある場合、今回の重加算税割合に10%が上乗せされます。「一度の不正が将来の負担増につながる」という設計ですので、類似事案の再発防止は最優先となります。

免責事項

本記事は、一般的な解説を行ったものであり、個別の取引や事業活動に対して直接的な税務判断を示すものではありません。

具体的な適用可否や税額計算については、必ず専門書籍、顧問税理士、または所轄税務署等の専門機関にご相談のうえ、最新の法令・実務に従って読者ご自身ご判断いただきますようお願いいたします。

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この記事を書いた人

運営者:はち(執筆・運営・構成)
会計プロフェッショナル資格保有/簿記上級資格保有/ファイナンス実務経験者

上場企業・IPO準備企業・中小企業に対して、会計処理の確認及び助言・内部統制構築・M&A支援・資金調達支援・買収後の統合支援等を経験。
10社以上の企業に財務面から携わってきた実務家です。

静かな資産形成=数字に惑わされず、自分の判断軸で積み上げていくことを信条に、投資初心者にもやさしく、かつ本質的な記事を執筆しています。

Quiet Money Labでは、不動産クラファン、投資信託、ロボアド、自動売買FXなどの少額投資記事を中心に、数字から投資のリテラシーを育てる内容を構成・執筆しています。

運営者:はな(監修・ライフプラン・保険分野)
ファイナンシャルプランナー資格保有/保険会社勤務

資産設計・保障見直しに携わる現役FP。
保険・NISA・iDeCoなど、資産形成とライフプランに関わる相談業務を行っています。

Quiet Money Labでは、主に積立NISA・ロボアド・保険と資産形成のバランスといったテーマについて、内容の正確性・実用性の監修を担当。

「難しい言葉ではなく、伝わる言葉で安心を届ける」をモットーに、読者にとって等身大の情報提供を意識しています。

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